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Grazie all’importante lavoro di Giovanni Capellini, primo a ricoprire la cattedra di Geologia in Italia, il Museo inaugurò ufficialmente nel 1881 e si arricchì di reperti geopaleontologici provenienti da ogni parte del mondo, di importanza scientifica, didattica ed espositiva insuperate.
Attualmente la raccolta testimonia più di cinquecento anni di attività didattica e di ricerca, con un patrimonio di quasi un milione di pezzi conservati negli arredi originali di fine Ottocento tra cui rocce, piante, invertebrati e vertebrati fossili.
Nelle sale si possono ammirare: